87 контейнера с отработено ядрено гориво вече се съхраняват в междинното хранилище за ОЯГ.
Всички дейности по извеждане от експлоатация на централата се планира да приключат до края на 2038 година.
През февруари 2018 г. последната горивна касета беше извадена от реактора на втори енергоблок – по този начин не е останало отработено ядрено гориво в реактора.
След окончателното спиране на енергоблок № 2 през 2009 година само част от използваното гориво беше извадено в басейните за отлежаване на касетите (БОК), останалата част от горивото се е намирала в реактора в очакване въвеждането в експлоатация на новото междинно хранилище за ОЯГ (проект В1).
АЕЦ „Игналина“ възобнови изваждането на ядрено гориво от реактора на втори енергоблок през лятото на 2017 година, след като компанията получи лицензия за промишлена експлоатация на новото междинно хранилище за ОЯГ.
Понастоящем, когато в реакторите на двата блока няма отработено ядрено гориво, дейността на ядрената централа е насочена към свеждане до минимум на възможния риск за безопасността на обекта, ускоряване извозването на ОЯГ от енергоблоковете и поставянето му за временно съхраняване в новото междинно хранилище за ОЯГ (ПХОЯТ).
Проектирането и изграждането на ново междинно хранилище за отработено ядрено гориво (Проект В1) бе осъществено с финансовата подкрепа на Международния фонд за подкрепа извеждане от експлоатация (МФПИЕ) на АЕЦ „Игналина“, управляван от ЕБВР.
Европейският съюз е допринесъл най-много за МФПИЕ в размер на 96%. Други страни донори са Австрия, Белгия, Великобритания, Дания, Финландия, Франция, Германия, Люксембург, Холандия, Норвегия, Полша, Испания, Швеция и Швейцария.
